Mettre tous les liens dans un fichier, puis:

aria2c --input-file list.txt --max-download-limit=1000KB --force-sequential=true --auto-file-renaming=false --continue=true

Cela va télécharger tous les fichiers de la liste un par un en limitant la vitesse de téléchargement et en cas d'arrêt relancer la commande continue là ou elle en était.